出資馬のレースや調教に指示をだすことはできますか？

いいえ、できません。
競走用馬ファンドへの出資をされても、出資馬の所有権を保有するわけではないので、馬主の資格もございません。出資馬に対するすべての事項は、馬主であるクラブ法人の方針に沿って決定いたします。